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Coronavirus : comment lire un article scientifique

La pandémie de Covid-19 a donné une furieuse envie de se plonger dans des articles scientifiques pour comprendre de quoi il retourne. Mais, attention ! Cette littérature a des codes qu’il faut connaître.


© Anthony Micallef / Haytham-Rea

Le Pr Didier Raoult dans son bureau à Marseille, en avril 2020. Lorsque vous lisez une étude scientifique, posez-vous cette question : porte-t-elle sur un petit nombre de patients ou sur des milliers ?

Ces derniers temps, beaucoup de gens se sont mis à lire pour la première fois de leur vie des ­articles scientifiques dans l’espoir de comprendre la pandémie de ­Covid-19. Si vous êtes de ceux-là, sachez qu’il s’agit d’un genre de littérature très particulier, avec lequel on met parfois du temps à se familiariser. Ayez aussi à l’esprit que, pour l’édition scientifique, la période actuelle est hors normes. Rarement tant de chercheurs se sont penchés sur un même sujet avec une telle rapi­dité. Les premières études sur le nouveau coronavirus ont été publiées à la mi-janvier. Quinze jours plus tard, la revue ­Nature s’émerveillait de voir qu’on en était déjà à 50 articles. Le nombre a augmenté ces derniers mois à un rythme exponentiel digne d’une pandémie.

Début juin, la base de données bibliographiques de la Bibliothèque nationale de médecine américaine contenait plus de 17 000 publications sur le Covid-19 [plus de 30000 à la mi-juillet]. Plus de 4 000 publi­cations [6254 à la mi-juillet] avaient été déposées sur le site bioRxiv, qui héberge des articles n’ayant pas encore fait l’objet d’une évaluation par les pairs.

En temps normal, il n’y a guère que des scientifiques qui auraient consulté ces articles. Des mois ou des années après avoir été rédigés, ils se seraient retrouvés dans des revues papier rangées sur un rayonnage de bibliothèque. Aujourd’hui, tout le monde peut surfer sur le flot d’articles consacrés au nouveau coronavirus, qui sont, dans leur grande majorité, en accès libre sur Internet.

Mais ce n’est pas parce qu’on se les procure plus facilement qu’ils sont faciles à comprendre. Leur lecture peut se révéler extrêmement ardue pour le profane, même quand il possède une certaine formation scientifique. Pas seulement en raison du jargon qu’emploient les chercheurs pour faire tenir beaucoup de résultats dans un espace réduit. Tout comme le sonnet, la saga et la nouvelle, l’article scientifique est un genre qui possède ses règles tacites, règles qui ont évolué au fil des générations.

Au départ, il s’agissait de lettres de savants, dans lesquelles ils racontaient leur passe-temps et décrivaient des phénomènes surprenants. Le premier numéro de la revue Philosophical Transactions de la Royal Society de Londres, publié en mars 1665, était constitué de brèves communications intitulées « Exposé des progrès en matière des verres optiques » ou encore « Description d’un très étrange veau monstrueux ».

Au XVIIe siècle, ce sont les éditeurs des revues qui décidaient si les lettres de savants méritaient ou non d’être publiées. Mais, deux siècles de progrès scientifique plus tard, les savants ne pouvaient plus être experts en tout, si bien que les éditeurs se mirent à faire relire les articles par des personnes extérieures qui étaient spécialistes de la discipline concernée. Cela déboucha dans les années 1950 sur ce qu’on appelle l’évaluation par les pairs. Désormais, une revue ne publiait un article que si des experts extérieurs l’avaient jugé recevable. Parfois, les relecteurs le refusaient purement et simplement ; d’autres fois, ils demandaient aux auteurs d’en corriger les faiblesses, soit en ­remaniant l’article, soit en menant des ­recherches complémentaires.

Au fil du temps, les articles scientifiques se sont dotés d’une structure précise. Ceux que ­publie Philosophical Transactions ne se présentent plus comme des lettres mais comme des exposés organisés en quatre parties. Dans la première, les auteurs décrivent généralement les connaissances sur le sujet et expliquent le pourquoi de leur recherche. Ils ­détaillent ensuite leur méthodologie – comment ils ont observé les lions ou analysé la composition chimique de la poussière martienne. Après quoi ils présentent leurs résultats en en donnant la signification scientifique. Ils soulignent généralement les limites de leurs recherches et ­signalent les points à approfondir.

En tant que journaliste scientifique, je fréquente cette littérature depuis trente ans. J’ai bien dû lire des dizaines de milliers de publications pour trouver des sujets d’article ou me documenter. Bien que je ne sois pas chercheur moi-même, j’ai appris à m’y frayer un chemin. L’un des enseignements que j’ai retenus, c’est qu’on a parfois du mal à déceler l’histoire qui se cache derrière un article. Quand j’appelle des chercheurs et que je leur demande de me parler de leurs recherches, ils m’en font souvent un récit captivant. Mais, confrontés au texte seul, nous en sommes réduits à reconstituer l’histoire nous-mêmes.

Le problème tient peut-être, en partie, au fait que beaucoup de scientifiques n’ont pas été vraiment formés à l’écriture. Résultat, on ne comprend pas exactement où l’auteur veut en venir, en quoi ses résultats répondent à la question et en quoi cela a de ­l’importance.

Les contraintes de l’évaluation par les pairs – il faut satisfaire aux exigences de plusieurs experts différents – rendent la lecture des articles encore plus pénible. Les revues aggravent les choses en demandant aux chercheurs de découper leurs articles en morceaux, dont certains sont expédiés dans un dossier complémentaire. Lire un article scientifique, c’est parfois comme lire un roman et ne s’apercevoir qu’à la fin que les chapitres 14, 30 et 41 ont été publiés séparément.

La pandémie de Covid-19 pose un problème supplémentaire : il y a beaucoup plus d’articles qu’on ne pourra jamais en lire. Un outil comme Google Scholar permet de se concentrer sur les articles qui ont fait l’objet de citations dans d’autres publications. On peut ainsi se faire une idée de l’évolution de l’état des connaissances ces derniers mois – la ­découverte du nouveau coro­navirus, le séquençage de son génome, le fait qu’il soit contagieux avant même l’apparition des symptômes. Des articles tels que ceux-là seront cités par des générations de chercheurs à venir.

Mais la plupart ne le seront pas. Lorsque vous lisez un article scientifique, il convient de cultiver un scepticisme de bon aloi. Dans la masse d’articles qui n’ont pas encore été évalués par les pairs – ce que l’on appelle les prépublications ou preprints –, il y a beaucoup de travaux ­médiocres et de fausses découvertes. Certains seront reti­rés par leurs ­auteurs. Beaucoup ne franchiront jamais le cap de la publication dans une revue. D’autres feront les gros titres avant de tomber dans les ­oubliettes. Des chercheurs de l’université Stanford ont ainsi ­déposé en avril une prépublication affirmant que le taux de mortalité du ­Covid-19 était bien inférieur à celui que d’autres ­experts avaient estimé. Andrew Gelman, statisticien à l’université Columbia, a été si furieux à la lecture de leur article qu’il a exigé des excuses publiques. « Nous avons perdu du temps et de l’énergie à discuter de cet ­article, dont le principal argument de vente repo­sait sur quelques chiffres qui étaient à la base le produit d’une erreur ­statistique », écrit-il sur son blog 1.

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Ce n’est pas parce qu’un article a franchi le cap de l’évaluation par les pairs qu’il est au-dessus de tout soupçon. En avril, lorsqu’une équipe française a publié une étude concluant à l’efficacité de l’hydroxychloroquine contre le Covid-19, des chercheurs ont objecté qu’elle portait sur un nombre réduit de patients et n’était pas conçue de façon rigoureuse. En mai, la revue médicale britannique The ­Lancet publiait une étude beaucoup plus vaste laissant penser que ce traitement pouvait accroître le risque de décès. Une centaine d’éminents chercheurs ont alors écrit une lettre ouverte mettant en doute la validité des données sur lesquelles reposait l’étude 2.

Lorsque vous lisez un article scientifique, essayez de l’aborder comme le ferait un autre scientifique. Posez-vous quelques questions élémentaires pour juger de sa valeur. L’étude porte-t-elle sur un petit nombre de patients ou sur des milliers ? Confond-elle corrélation et causalité ? Les ­auteurs présentent-ils réellement les preuves nécessaires pour arriver à leurs conclusions ?

Un bon truc pour apprendre à lire un article comme un scientifique est de faire un usage judicieux des réseaux sociaux. Des épidémiologistes et des viro­logues de renom expliquent sur leur fil Twitter pourquoi ils pensent que tel ou tel article tient la route ou pas. Mais assurez-­vous de suivre des spécialistes reconnus et non des logiciels automatiques ou des agents de désinformation qui colportent des absurdités conspirationnistes.

La science a toujours suivi un chemin tortueux. Aujourd’hui, elle est engagée dans une course contre la montre, le monde ­entier scrutant chaque nouvel article dans l’espoir qu’il livre une piste qui permettrait de sauver des millions de vies.

La situation sanitaire actuelle ne change rien à la nature d’un article scientifique. Ce n’est jamais la divulgation d’une vérité absolue. Au mieux, c’est un état des lieux de ce que nous savons des mystères de la nature.

— Carl Zimmer est un journaliste scientifique américain. Il a publié une douzaine d’ouvrages de vulgarisation, dont Planète de virus (Belin, 2016).

— Cet article est paru dans The New York Times le 1er juin 2020. Il a été traduit par Catherine Mantoux.

Notes

2. L’affaire a fait du bruit car l’un des dix-sept auteurs du preprint incriminé était John Ioannidis, qui n’est pas statisticien et s’est fait une spécialité de dénoncer la mauvaise qualité des articles scientifiques en biomédecine.

3. Cette affaire a jeté le discrédit sur l’une des plus prestigieuses revues médicales. Trois des auteurs de cette étude ont fini par se rétracter, expliquant qu’ils ne pouvaient pas garantir la véracité des données primaires – fournies par
une entreprise détenue par le quatrième des cosignataires.

LE LIVRE
LE LIVRE

The Seven Pillars of Statistical Wisdom (« Les sept piliers de la sagesse statistique ») de Stephen M. Stigler, Harvard University Press, 2016

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